Matolek memiliki ciri khas lembaga pendidikan yang mengajarkan kitab salaf dengan kurikulum otonom yang dibuat oleh lembaga sendiri dari ilmu Bahasa Arab, fikih, ushul fikih, faraidh, tafsir, akhlak, tasawuf, aswaja dan lain sebagainya. Meski begitu di Matolek juag diajarkan ilmu pengetahuan umum dasar meski porsinya cukup sedikit seperti bahasa Indonesia, kewarganegaraan, matematika, sejarah Indonesia, dll.
Madrasah yang sudah berumur lebih dari satu abad ini juga memiliki ciri khas hafalan wajib yang harus dilalui para siswanya dari kelas 3 MI sampai 2 MA. Jika siswa tidak berhasil menghafal dalam waktu yang ditentukan maka tidak akan naik kelas karena harus mengulang. Hafalan ini juga menjadi tantangan tersendiri karena bagi sebagian orang tentu menjadi suatu hal yang tidak mudah.
Semakin luasnya jejaring alumni Matolek yang tersebar di berbagai tempat dan wilayah, maka KMF melihat perlunya didirikan Matolek II sebagai cabang dari Matolek Pusat yang ada di Kajen. Matolek atau PIM 2 ini rencananya lebih fokus pada penguatan ilmu-ilmu umum berkarakteristik global seperti skill komunikasi, bahasa Inggris, matematika, leadership, dll. Namun demikian PIM 2 ini juga tidak lantas meninggalkan nilai-nilai otentik yang diajarkan para guru dan masyayikh Matolek.
Menurut informasi, jika KMF-PIM jadi membangun cabang PIM secara serius, di Rembang sudah ada alumni yang siap mewakafkan tanahnya seluas ± 8000m². Oleh sebab itu PIM-KMF berperan serta dalam pewacanaan, perencanaan dan pembangunan PIM 2. Harapannya, impian mendirikan Matolek II dapat segera terwujud sehingga peran dan kemanfaatan ilmu dari para alumni akan lebih terserap dan memberi keberkahan dan kebaikan bersama.
